############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### /home/biocbuild/bbs-3.23-bioc/R/bin/R CMD build --keep-empty-dirs --no-resave-data GeoMxWorkflows ### ############################################################################## ############################################################################## * checking for file ‘GeoMxWorkflows/DESCRIPTION’ ... OK * preparing ‘GeoMxWorkflows’: * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * installing the package (it is needed to build vignettes) * creating vignettes ... ERROR --- re-building ‘GeomxTools_RNA-NGS_Analysis.Rmd’ using rmarkdown Quitting from GeomxTools_RNA-NGS_Analysis.Rmd:969-1009 [deNativeComplex] ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error in `.check_ncores()`: ! 72 simultaneous processes spawned --- Backtrace: ▆ 1. └─GeomxTools::mixedModelDE(...) 2. └─parallel::makeCluster(getOption("cl.cores", nCores)) 3. └─parallel::makePSOCKcluster(names = spec, ...) 4. └─parallel:::.check_ncores(length(names)) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Error: processing vignette 'GeomxTools_RNA-NGS_Analysis.Rmd' failed with diagnostics: 72 simultaneous processes spawned --- failed re-building ‘GeomxTools_RNA-NGS_Analysis.Rmd’ SUMMARY: processing the following file failed: ‘GeomxTools_RNA-NGS_Analysis.Rmd’ Error: Vignette re-building failed. Execution halted