R/preprocessing_filtering_reduction.R
create_scDataset_raw.RdCreate a simulated single cell datamatrix & cell annotation
create_scDataset_raw( cells = 300, features = 600, featureType = c("window", "peak", "gene"), sparse = TRUE, nsamp = 4, ref = "hg38", batch_id = factor(rep(1, nsamp)) )
| cells | Number of cells (300) |
|---|---|
| features | Number of features (600) |
| featureType | Type of feature (window) |
| sparse | Is matrix sparse ? (TRUE) |
| nsamp | Number of samples (4) |
| ref | Reference genome ('hg38') |
| batch_id | Batch origin (factor((1,1,1,1)) |
A list composed of * mat : a sparse matrix following an approximation of the negative binomial law (adapted to scChIPseq) * annot : a data.frame of cell annotation * batches : an integer vector with the batch number for each cell
# Creating a basic sparse 600 genomic bins x 300 cells matrix and annotation l = create_scDataset_raw() head(l$mat)#> 6 x 300 sparse Matrix of class "dgCMatrix"#>#> #> chr1_1_5147117 1 . . . . . 1 200 2 . 1 . 2 1 . 6 2 . . 1 #> chr1_5147118_10294233 3 1 1 1 . . . . . 56 1 . . 1 . . . 1 2 . #> chr1_10294234_15441350 1 301 . 2 . 1 2 . . . 1 . 96 1 . . . 372 2 3 #> chr1_15441351_20588466 1 . 1 2 . . . . . 1 3 1 1 373 . . 1 . . . #> chr1_20588467_25735583 2 . . 1 2 1 . 1 . . . 1 1 115 . . 1 . 300 . #> chr1_25735584_30882699 . . . . . . . 1 . . 262 264 . 1 . 1 . . 404 . #> #> chr1_1_5147117 . 147 2 . 187 . . . 314 . 4 223 . . 1 1 #> chr1_5147118_10294233 . . . . . . 1 . 46 . . 1 196 . 242 . #> chr1_10294234_15441350 2 . 319 . 253 . 2 1 1 1 2 1 1 2 . . #> chr1_15441351_20588466 2 . 1 1 2 1 196 1 . 1 . . . 110 . . #> chr1_20588467_25735583 160 . . 2 . 2 . . 105 . . . 289 . . 1 #> chr1_25735584_30882699 177 1 . 299 . 228 1 . 1 2 . . 1 . . . #> #> chr1_1_5147117 2 . . . 2 1 . . . 1 . . 1 . . 143 . 156 #> chr1_5147118_10294233 . . . 335 . . . . . . 111 2 . . . 1 . 1 #> chr1_10294234_15441350 . 1 . 2 . 2 . 6 . 1 . 2 1 . . 1 1 . #> chr1_15441351_20588466 . 1 . . . . 1 . . 205 1 . 1 140 . 2 . . #> chr1_20588467_25735583 . . . . 2 . . . . 1 36 1 222 1 1 . 1 . #> chr1_25735584_30882699 . . . 1 300 . 1 . 108 2 . 1 . . 1 2 2 . #> #> chr1_1_5147117 1 . 1 . 1 2 . 2 . 2 1 . 1 . 1 . 6 . #> chr1_5147118_10294233 . 3 . 1 . . 161 . 1 1 . . 1 3 270 . . . #> chr1_10294234_15441350 . . . . 100 1 . 1 62 . 1 . 3 260 . . . . #> chr1_15441351_20588466 113 . . . . 349 . 2 . . . . 396 6 112 1 . . #> chr1_20588467_25735583 . . . 1 . . 1 . 212 . . 148 . . . 2 . 304 #> chr1_25735584_30882699 . . . 1 . 1 . . . . . . 1 . . . . . #> #> chr1_1_5147117 . . . 3 . 3 248 1 2 1 1 135 . 1 . 1 . #> chr1_5147118_10294233 . 144 . . . . . 2 . . 1 2 4 . 1 1 . #> chr1_10294234_15441350 . 3 . . 203 287 . . . . 132 113 1 . . . . #> chr1_15441351_20588466 . 1 . . . . . 130 . . . . 237 . 67 . 2 #> chr1_20588467_25735583 1 . 1 2 1 2 1 37 . . . 2 . 137 2 . . #> chr1_25735584_30882699 . . . 1 . . . 2 1 . 1 1 . 1 258 120 1 #> #> chr1_1_5147117 1 2 . . 1 . . . . 1 . . . 1 . . 1 1 1 1 . . #> chr1_5147118_10294233 . . . . . . . 1 1 . 3 2 2 1 . 2 1 . . . 160 135 #> chr1_10294234_15441350 . . . 1 . . . . 1 246 . . . 1 . . . . . . . 1 #> chr1_15441351_20588466 1 . 1 1 . 2 1 . . . 1 2 . . . . 1 2 123 . . . #> chr1_20588467_25735583 . . 2 1 . . . 1 1 . . 1 . . . . 2 . . 370 . 2 #> chr1_25735584_30882699 2 . . . 1 . . . . . . . 1 . 2 . 1 . . 1 1 1 #> #> chr1_1_5147117 268 . . 1 315 2 1 . . 418 1 . 1 1 . . . 2 . #> chr1_5147118_10294233 2 197 1 . . . . 51 103 1 . . . . . 1 . . 2 #> chr1_10294234_15441350 . . 256 2 1 2 . 2 . . . . 1 1 . . . 2 . #> chr1_15441351_20588466 . . . . . . 1 1 . . . 144 1 840 . . . . . #> chr1_20588467_25735583 1 1 2 . 1 . 1 . . 1 . 2 1 291 . . 1 . . #> chr1_25735584_30882699 60 453 . . . 378 . . . 1 3 . . . . . . . . #> #> chr1_1_5147117 . . . . . 1 . 2 . 1 . . 1 1 . . . . 1 . . #> chr1_5147118_10294233 . 1 . 1 1 . . . . . . . . . 1 . . 3 . . . #> chr1_10294234_15441350 . . . 1 1 1 1 . . . . 32 . . . 1 . 3 267 . 2 #> chr1_15441351_20588466 . . . . . . 2 . . . . 2 . . . 2 . . . . 1 #> chr1_20588467_25735583 2 . 3 . 2 . 1 . 1 1 . 1 . 1 266 168 . . 2 . 111 #> chr1_25735584_30882699 1 93 208 1 2 . . . 1 . . . . 3 . . 1 . . 177 3 #> #> chr1_1_5147117 . . . . 32 . 1 1 . . . . 173 . 1 . 106 . . . . #> chr1_5147118_10294233 . . . . . . . . . . 1 . 1 234 . . 1 . . 267 . #> chr1_10294234_15441350 1 1 1 228 1 . . . . . . 1 . 106 . . . . . . . #> chr1_15441351_20588466 . . . . 1 96 6 1 . . . . 1 . . . . . 2 1 3 #> chr1_20588467_25735583 . 1 . . 173 1 2 . . 2 1 . . 1 1 1 . . 19 . 2 #> chr1_25735584_30882699 1 . . . . 442 1 1 . 1 2 . . 1 3 . . . . . 1 #> #> chr1_1_5147117 . 1 . . . . 1 . . . 1 254 . . 122 . . . 117 . #> chr1_5147118_10294233 . . . . 2 1 . 2 1 87 261 7 . . 165 1 233 . 1 . #> chr1_10294234_15441350 . . . . . . . . 2 . . . . 1 . . . . . . #> chr1_15441351_20588466 . 1 2 . 2 69 1 2 . . 1 2 . 2 . . . . 1 . #> chr1_20588467_25735583 172 1 . . . . . 2 1 . . . . . 2 . 2 2 . 1 #> chr1_25735584_30882699 . . . 1 . . . . . 2 . . . . . . 2 . . 2 #> #> chr1_1_5147117 2 . 231 339 . 346 . 1 1 . 1 2 1 . 1 . . . . . . #> chr1_5147118_10294233 287 . . 164 1 1 . . 1 1 . 1 . . . . . 1 . 1 . #> chr1_10294234_15441350 1 . . . . . . 1 . . 215 2 2 . . . 1 2 1 2 . #> chr1_15441351_20588466 2 . . 3 . 2 1 1 1 . . . 2 . . 2 . 1 . . . #> chr1_20588467_25735583 1 1 1 2 1 . . 1 1 . 42 . 1 1 . 1 1 . . . . #> chr1_25735584_30882699 4 . . 2 . 3 3 . . . . . . . . . . 182 . . . #> #> chr1_1_5147117 2 . 35 . 210 . . . . . . . . 1 . 2 . 1 . #> chr1_5147118_10294233 21 . 137 . . . . . . . . 1 1 . . . 225 151 . #> chr1_10294234_15441350 1 1 3 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . #> chr1_15441351_20588466 273 . . 2 . . 1 . . . 2 152 . . . 1 1 . . #> chr1_20588467_25735583 . . 1 1 115 . 272 . . . . . . . 3 . . . 1 #> chr1_25735584_30882699 . . 1 1 . 2 32 1 2 . 2 1 . 2 . 288 . . . #> #> chr1_1_5147117 . . 1 . . 70 . . . . . . . 1 2 249 2 . . . 1 #> chr1_5147118_10294233 . . . . . . . 390 1 . . . . 3 . . 2 . 42 2 . #> chr1_10294234_15441350 . . . . . 1 . 1 . . 90 . . . 1 1 . . . 1 . #> chr1_15441351_20588466 . 15 . 1 . . . . . 371 1 . . . 1 . 258 3 . . . #> chr1_20588467_25735583 . 3 . . 1 . . . . . 3 2 . 1 . . 1 . . . 3 #> chr1_25735584_30882699 140 . . . . 128 1 . . . . 2 . . 1 . . . . . . #> #> chr1_1_5147117 1 1 1 1 . . 1 1 . . . . . . . 343 . . 12 . . #> chr1_5147118_10294233 1 296 . . 1 . . 1 . 1 . 2 . 1 . . 1 . 1 1 . #> chr1_10294234_15441350 . . . . 98 . . . . 423 204 . . . . . . 2 . . 188 #> chr1_15441351_20588466 . . 331 1 . . . 1 1 9 . . . . . . . 1 . . . #> chr1_20588467_25735583 2 1 1 2 1 . . 1 1 1 . . . . 2 1 . 1 . 1 143 #> chr1_25735584_30882699 . . 1 . . . 2 . . . . 1 . . . 327 . 1 2 2 . #> #> chr1_1_5147117 . . . . . 3 . 1 . 2 . . . . . . 68 168 . . . #> chr1_5147118_10294233 . 1 2 . 2 1 . . 1 . 1 1 . 1 1 . . . . . 1 #> chr1_10294234_15441350 . . . 4 . 1 . . . . . 1 . . . . 1 . . . . #> chr1_15441351_20588466 . 3 . . . 2 . . 476 . . . 2 . . . . . . . . #> chr1_20588467_25735583 . . . 1 . . . 54 . . . . . . 1 2 . . 1 . . #> chr1_25735584_30882699 . 209 . 4 . . . . 2 1 2 . . 327 . 379 . . . . . #> #> chr1_1_5147117 1 . . 1 2 #> chr1_5147118_10294233 1 . . . 1 #> chr1_10294234_15441350 1 . 191 325 2 #> chr1_15441351_20588466 320 . . . 1 #> chr1_20588467_25735583 2 . . . . #> chr1_25735584_30882699 . 2 . 1 1#> barcode cell_id sample_id batch_id total_counts #> sample_1_c1 BC1 sample_1_c1 sample_1 1 11264 #> sample_1_c2 BC2 sample_1_c2 sample_1 1 14545 #> sample_1_c3 BC3 sample_1_c3 sample_1 1 13741 #> sample_1_c4 BC4 sample_1_c4 sample_1 1 10384 #> sample_1_c5 BC5 sample_1_c5 sample_1 1 12683 #> sample_1_c6 BC6 sample_1_c6 sample_1 1 11757#> [1] 1 1 1 1 1 1 #> Levels: 1# Specifying number of cells, features and samples l2 = create_scDataset_raw(cells = 500, features = 500, nsamp=2) # Specifying species mouse_l = create_scDataset_raw(ref="mm10") # Specifying batches batch_l = create_scDataset_raw(nsamp=4, batch_id = factor(c(1,1,2,2))) # Peaks of different size as features peak_l = create_scDataset_raw(featureType="peak") head(peak_l$mat)#> 6 x 300 sparse Matrix of class "dgCMatrix"#>#> #> chr1_5998583_6998346 . . 2 1 . . . . 1 . . 2 1 . 1 . . 1 #> chr1_6250001_6260000 . . 419 1 1 1 . . 178 1 . 1 2 . 1 . . 1 #> chr1_7720001_7721000 . 1 2 . . 1 . 74 . . 165 1 3 344 . 2 1 . #> chr1_9300001_9302500 . 1 229 1 . . . 1 4 6 . 238 . . . . . 268 #> chr1_15646045_15654043 . . . . . 270 1 151 . . 1 1 1 . 454 419 2 3 #> chr1_18995510_19995273 . . . . . . . 1 1 1 . . . 1 . . . . #> #> chr1_5998583_6998346 . 1 1 1 1 295 1 1 1 . 165 . . . . 153 . . 2 #> chr1_6250001_6260000 . . . . 3 . 1 2 . . 191 . 2 . . . 144 . . #> chr1_7720001_7721000 2 . . . . 1 1 . 31 . . 1 . . . 2 . . 1 #> chr1_9300001_9302500 2 . 1 2 . . 2 1 2 . . . 1 2 . 31 2 . 3 #> chr1_15646045_15654043 1 264 . . 1 353 2 . . . . . 273 . . . . 2 . #> chr1_18995510_19995273 65 . . 1 237 120 . . 140 1 2 . . 1 34 . . . 2 #> #> chr1_5998583_6998346 1 . . 206 . 6 . . . 2 . . 230 . 6 1 . 347 #> chr1_6250001_6260000 . . . . . 2 . . . 2 . 1 . 116 181 236 . . #> chr1_7720001_7721000 1 1 . . 1 1 . . . 15 . 1 . . 6 2 1 . #> chr1_9300001_9302500 1 . 1 1 . . . 1 . . . 2 261 . . 1 . . #> chr1_15646045_15654043 . 2 . 236 1 2 2 262 . 1 . . 352 2 2 . 1 . #> chr1_18995510_19995273 182 194 . . . 262 2 . . . . 1 . . 106 1 . . #> #> chr1_5998583_6998346 1 . 3 340 239 . 1 1 . 396 . 2 . 1 . . 19 . . #> chr1_6250001_6260000 271 216 1 . . 173 . . . . . . 2 . . 1 . . 146 #> chr1_7720001_7721000 1 1 214 2 . 2 2 . 1 269 . . . 1 . . 1 . . #> chr1_9300001_9302500 2 . 1 1 . . . . . . . 3 2 . 1 . 1 . 1 #> chr1_15646045_15654043 2 . . . . . . . 268 . 1 . 2 . 1 . 6 7 . #> chr1_18995510_19995273 . . 2 . . . . . . 1 . 1 1 . . 1 . . . #> #> chr1_5998583_6998346 120 2 . . . . . . 248 . . 1 153 3 . 257 . . #> chr1_6250001_6260000 . 1 . 2 1 . 1 . . 1 . 2 . . . 2 1 . #> chr1_7720001_7721000 . . 6 . . . . . . 1 . 168 475 . 1 2 . . #> chr1_9300001_9302500 . . . 3 2 . . . . . . . . . 135 . . 1 #> chr1_15646045_15654043 1 . . . 1 . . . . 1 542 . . 1 . . 209 . #> chr1_18995510_19995273 536 . . 319 1 4 . 132 1 1 . 1 . 1 6 . . . #> #> chr1_5998583_6998346 1 . . . . 1 128 . . . . . 1 . . . . . 1 #> chr1_6250001_6260000 120 370 . . . . . . . . . 1 1 . 130 1 . . . #> chr1_7720001_7721000 2 . 2 4 309 1 . 1 . . . 2 . . . . . 1 . #> chr1_9300001_9302500 . . . . 253 170 127 1 . . . . 1 . . . . . . #> chr1_15646045_15654043 . . . . . 1 31 1 . . 241 . . . . 131 1 . 2 #> chr1_18995510_19995273 . . 1 . . . . . 156 . . . . . 3 . . 2 1 #> #> chr1_5998583_6998346 . 253 . . . 3 142 124 1 3 1 . . . . 1 . . 285 2 #> chr1_6250001_6260000 . 1 3 . . 76 1 . . 1 . . . 1 . 7 1 . . 1 #> chr1_7720001_7721000 . . . 1 290 . 2 . . . . . . 1 . 1 . . . . #> chr1_9300001_9302500 1 4 . . . 1 . . . . . 2 . . . . . . . 1 #> chr1_15646045_15654043 . . . . 1 273 139 1 . 2 . 84 . 1 . 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